Faut-il avoir peur des virus et les exterminer tous ? Après avoir éliminé des milliers d’espèces, et réduit drastiquement la faune et la flore, l’humanité doit-t-elle porter désormais son combat contre les microorganismes ?

Pour mieux comprendre les us et coutumes du coronavirus, vous avez lu beaucoup d’articles et écouté beaucoup de commentaires dans l’attente fébrile d’un vaccin. Tout un chacun est désormais un virologue et en sait presqu’autant que les spécialistes. Je me propose donc de porter un peu plus loin votre connaissance sur le sujet.

Rappelons d’abord la taille des intervenants : une cellule mesure 10 microns et bien visible au microscope, une bactérie environ 0, 4 micron et un virus mesure en général 1000 fois moins ! Ce dernier est invisible au microscope optique et nécessite un microscope électronique pour apercevoir sa présence !

380 trillions d’amis

Nous ne vivons pas seuls et nous sommes très entourés. Nous savions déjà que nous avions des dizaines de milliards de bactéries dans notre tube digestif, le plus souvent des amies très utiles. Mais savez-vous que nous hébergeons 380 trillions de virus qui nous veulent souvent du bien, mais pas toujours ! (380 milliards de milliards !)

En fait, chacun d’entre nous est un super-organisme qui vit en cohabitation avec des milliers d’espèces de bactéries, de champignons microscopiques et surtout de virus. On estime que la moitié de notre matière organique n’est pas humaine ! Alors, il serait peut-être plus sage de s’en faire des amis…

Il faut dire que notre corps constitue un excellent terreau pour abriter ces microorganismes et en particulier ces innombrables virus, dénommés « virome », qui nous envahissent dès notre naissance et trouvent le moyen de prospérer pacifiquement dans notre organisme, sans nous rendre malade.

Les virus ne peuvent rien faire seuls, et surtout pas se reproduire, ils ont besoin d’une cellule hôte dont ils vont prendre le contrôle et qui va mettre à leur disposition tout ce dont ils ont besoin. Le virus est constitué d’une simple enveloppe de protéines à l’intérieur de laquelle se trouve un matériel génétique assez simple qui va se dupliquer à l’aide de la cellule hôte.

Les virus aiment bien les muqueuses, intestinales, bronchiques ou vaginales, où ils prolifèrent. Mais on les trouve partout, sur la peau, dans la bouche, dans le plasma sanguin, dans le lait maternel, dans les articulations, dans le tractus urinaire et même, ce qui est plus surprenant, dans le système nerveux central ! Et il semblerait que notre virome s’enrichit et se diversifie au fur et à mesure que nous avançons dans la vie…

Mais, les différents virus ont leurs cibles privilégiées. Comme vous le savez déjà, les coronavirus affectionnent les muqueuses pulmonaires. De leur côté les papillomavirus et le virus de la varicelle se regroupent sur la peau. Les virus de l’herpes sont moins sélectifs et peuvent envahir presque tout les fluides et les muqueuses, y compris le cerveau comme nous verrons.

Nous ne cohabitons pas tous avec les mêmes virus, et les chercheurs peuvent même savoir avec qui vous vivez en étudiant la panoplie de votre virome ! Il est estimé que nous partageons 25% du virome de ceux avec lesquels nous cohabitons. Il existe une grande différence entre le virome des femmes et ceux des hommes, sans doute pour des raisons hormonales. De même qu’il existe une plus grande variété virale chez les asiatiques que chez les occidentaux.

Les bactériophages

Les virus affectionnent aussi beaucoup les bactéries, on les nomme des « bactériophages » qui prennent le contrôle des bactéries et utilisent leur machinerie pour se reproduire, comme ils le font avec les autres cellules. Ces bactériophages peuvent même constituer des armes redoutables pour nous aider à se débarrasser de certaines bactéries.

En fait, ce sont les bactériophages qui sont les plus nombreux dans notre organisme car, étant inoffensifs pour nous, notre système immunitaire les ignore. Certains phages peuvent vivre en hibernation, à l’intérieur d’une bactérie, et attendre qu’elle se divise pour envahir la fille ! 

Néanmoins, la nature étant toujours très créative et pleine de malice, des chercheurs ont trouvé des virus bactériophages qui possédent des gènes qui confèrent à la bactérie hôte la résistance aux antibiotiques ! Le virus assure ainsi sa survie en rendant son hôte invincible. Quelle merveilleuse symbiose…

Un autre exemple étonnant concerne la bactérie Pseudomonas aeruginosa, responsable de la pneumonie. Cette bactérie peut devenir l’hôte d’un bactériophage filamenteux qui va enrober la bactérie d’une protection qui va lui permettre d’échapper à l’action des antibiotiques.

Mais, bien des bactériophages sont nos amis. De nombreux virus bactériophages demeurent ainsi dans le mucus de notre système respiratoire ou digestif et attendent une proie bactérienne pour l’envahir afin de se répliquer. Ils font en quelque sorte le ménage à notre place et nous débarrassent des microbes ennemis. C’est ainsi qu’ils peuvent nous protéger d’une intoxication alimentaire à la salmonelle en l’éliminant préventivement…

Des chercheurs ont isolé, à partir de certains virus, des enzymes qui tuent les bactéries staphylocoques résistantes à la méthicilline. Il s’agit d’une voie de recherche prometteuse pour contourner la résistance bactérienne aux antibiotiques qui devient un problème grave de santé publique. L’OMS estime qu’en 2050 ce problème engendrera 10 millions de morts chaque année dans le monde !

L’utilisation de virus bactériophages, dans la lutte antibactérienne, est cependant délicate car il faut trouver le virus idéal, sans danger, et qui ne provoque pas, lorsqu’il est inoculé, une réaction immunitaire excessive. Ces bactériophages sont présents dans les fèces, c’est donc dans les stations d’épuration qu’a lieu la pêche au bon bactériophage. Quelques traitements expérimentaux ont déjà eu lieu à l’université de San Diego pour combattre des infections antibiorésistantes.

Manipuler le microbiome

Chacun connait le rôle primordial que joue notre flore digestive sur notre santé générale. Des recherches récentes démontrent une forte interaction entre les bactéries et les virus intestinaux. Toute modification des uns entraine des changements importants dans la population des autres. Ce qui veut dire que l’on peut agir sur une infection virale par un apport de bactéries probiotiques et vice-versa. Des chercheurs ont montré par exemple que les infections parodontales et les inflammations intestinales modifient le virome.

D’autres voies de recherche s’ouvrent dans des domaines insoupçonnés. C’est ainsi que les chercheurs ont découvert une grande quantité de virus de l’herpès dans le cerveau de patients morts avec la maladie d’Alzheimer. 

En 2020 des chercheurs du MIT ont infectés des tissus cérébraux de souris avec le virus herpès simplex. Ces tissus ont développé des plaques amyloïdes caractéristiques de la maladie d’Alzheimer. Rappelons que les deux virus de l’herpès HSV-1 et HSV-2 sont extrêmement répandus dans le monde. Peut-on imaginer un vaccin contre l’herpès qui protègerait de la maladie d’Alzheimer, du moins en partie ?

La virologie est aussi complexe que la bactériologie et les deux mondes sont interconnectés et interagissent. Les virus peuvent être des ennemis redoutables chez les sujets fragiles, c’est la raison pour laquelle nous devons avoir une bonne santé et donc un bon système immunitaire. J’ai déjà écrit que c’est la meilleure arme contre le coronavirus, avant le masque sans doute. 

Il est facile de booster ses défenses naturelles et les autorités de santé ont gravement failli en ne donnant pas les façons d’y parvenir ! Un individu en bonne santé ne craint pas les virus, c’est pourquoi les jeunes sont beaucoup mieux protégés. Il se peut même que le degré de ravage du coronavirus dans les différents pays est le reflet de l’état sanitaire du pays ! Il est inadmissible que les citoyens de nos pays riches aient tant de morbidités cardiovasculaires et d’obésités qui seraient si faciles d’éviter, pour la plupart !

De nombreux virus peuvent même être nos amis. Ils peuvent nous aider à modifier notre flore intestinale et ils peuvent nous permettre de venir à bout des infections bactériennes résistantes aux antibiotiques. N’oublions pas que, au fil de l’évolution biologique, le matériel génétique de nombreux virus a fusionné avec notre propre génome, en nous conférant sans doute des avantages sélectifs !

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